Cryptosporidiose er rapportert i en rekke forskjellige reptilarter. Denne sykdommen ser ut til å være vanlig i ville og fangede populasjoner av krypdyr, og overføring skjer via fekal-oral rute. Infiserte krypdyr uttrykker kanskje ikke symptomer, men er sporadisk avgir av oocyster (egg). Kliniske tegn på Crypto-infeksjon inkluderer oppstøt og vekttap ledsaget av unormal forstørrelse av slimhinnelaget i magen.
Diagnose av Cryptosporidiose kan være utfordrende. En metode for diagnose er identifisering av oocyster i en fekal prøve via syrefast farging. En negativ syrefast flekk indikerer bare at krypdyret ikke felte ved prøvetaking og betyr ikke at dyret er kryptofritt. Standard praksis er å teste tre ganger før man antar at dyret er fritt for sykdommen. Endoskopi, inkludert mageskylling og biopsi, kan også brukes til å identifisere denne sykdommen.
De vanligste artene av Cryptosporidiose som finnes hos krypdyr er C. serpentis, C. muris og C. parvum. Det har blitt antydet at C. parvum occyster (musebasert) som ble funnet sannsynligvis var fra gnagere som ble inntatt av krypdyrene og nåværende infeksjon av Crypto. Denne muligheten angående C. parvum-infisering av reptiler kan bare utelukkes fullstendig ved ytterligere nøye biologiske og genetiske studier.
I mars 1999 startet Saint Louis Zoo et diagnose-eutanasi-program etter identifisering av kronisk Cryptosporidium i slanger i deres anlegg. For å overvåke effektiviteten av kontrolltiltakene ble det periodisk tatt prøver fra slanger i en periode på ett år. Rett etter igangsetting av kontrolltiltaket var 5 av 10 og 8 av 17 slangeprøver positive for Crypto i henholdsvis mai og juni 1999. Etterpå var kun 1 av 45 slangeprøver tatt i fem forskjellige tidsperioder positive for Cryptosporidiose.
For tiden er det ingen effektive kontrollstrategier mot Cryptosporidium hos reptiler. I en studie i liten skala ble det vist at slanger med klinisk og subklinisk Cryptosporidium effektivt kunne behandles (ikke kureres) med hyperimmun bovin råmelk hevet mot C. parvum. Streng hygiene og karantene for infiserte og eksponerte dyr er obligatorisk for kontroll av Cryptosporidiose, men de fleste velger eutanasi av de infiserte. Den beste metoden for å hindre krypto fra å spre seg er å avlive infiserte krypdyr.
Kryptooocyster nøytraliseres kun ved eksponering for fuktig varme mellom 113°F og 140°F i 5 til 9 minutter og ved desinfeksjon med ammoniakk (5%) eller formell saltvann (10%) i 18 timer. Ineffektive desinfeksjonsmidler inkluderte idoforer (1%-4%), kresylsyre (2,5% og 5%), natriumhypokloritt (3%), benzalkoniumklorid (5% og 10%) og natriumhydroksid (0,02 m). Alt som potensielt kan ha vært i kontakt med et infisert krypdyr bør rengjøres grundig med en ammoniakkløsning og tørke i minst 3 dager.